Teóricamente las aplicaciones Windows no usan llamadas directas, se basan en la propia API, por lo que se podrían modificar las susodichas funciones para que por ejemplo mapearan el contenido accedido a un archivo en la carpeta donde está ese proceso.

Sería como volver a los archivos INI, seguramente ahora serían XML, pero imagino que les cuesta reconocer que es dar un paso hacia atrás.